Přestavba a zrušení
Od roku 1683 začíná přestavba – dřívější stavby byly postupně demolovány a za přispění šlechtických majitelů okolních panství (Putzů na Mimoni a Berků na Lemberku) stavěny nové. Vzhledem k tomu, že se jedná o žebravou řeholi, která nikdy nedisponovala velkým majetkem, pokračovaly práce jen pozvolna a často se musely pro nedostatek prostředků zastavit. Samotný klášter se začal přestavovat až roku 1693. V hrubé stavbě byl areál kláštera dokončen v roce 1696 – stavební práce se tak protáhly na 13 roků. Další práce v budově však pokračovaly až do roku 1698. Na základě dvorského dekretu císaře Josefa II. z 24. 8. 1786 byl klášter roku 1788 zrušen. Bratři museli odejít buď do diecézní duchovní správy, nebo ke svým rodinám, dva odešli do nedaleké Janovické poustevny (Tomáš a Valerián), kde pěstovali léčivé rostliny a léčili okolní obyvatelstvo.